TopHat 是将 RNA-Seq 数据允许 gap 的 mapping 到 ref seq 上！是转录组分析的必备工具之一！

此帖的内容涵盖了tophat的介绍，安装、使用、异常处理等，是tophat使用的完全手册!

1,介绍

转录组数据分析之tophat篇

TopHat是一个快速的寻找可变剪接的回贴工具。

适合打印：自己排版整理的PDF版Tophat Manual

2,安装

部署二代测序数据分析流程系列贴（2）-- 安装tophat

tophat安装遇到的问题及解决方法

扫盲帖：TopHat的安装与使用

3,使用

tophat 参数r优劣判定方法

Tophat使用技巧: iteration of tophat

tophat是否会自动扔掉<20bp的reads

RNA-seq 数据经tophat 比对后，怎么计算map 到exon、intron...的reads

TopHat输入Pair-end Reads必须是一一对应吗？

tophat输出结果统计

4,异常处理

tophat运行失败-- gzip: stdout: Broken pipe

Tophat运行失败---Error retrieving prep_reads info

tophat运行失败，切分输入文件后运行正常

 

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